Комиссия по борьбе с лженаукой Российской академии наук крайне резко отозвалась о фильме. В бюллетене комиссии отмечается:
В апреле 2006 г. телеканал «Россия» показал мастерски снятый фильм «Великая тайна воды», который иначе как пасквилем на мировую науку назвать нельзя.
В конце 2006 г. фильм получил три премии «ТЭФИ». Тем самым телевизионных дел мастера убедительно продемонстрировали, что для них самое главное — рейтинг, даже если он достигается ценой грубого обмана. А то, что при этом совершенно беззастенчиво попирается наука, что людям навязываются средневековые представления, организаторам премиального балагана безразлично…[2]
В том же номере бюллетеня приводится пример того, как снимались сюжеты с учёными, выступавшими в фильме:
Фильм возмутил научную общественность. Правда, есть «учёные», которые осознали, что на науке много не заработаешь, зато на обмане людей можно делать большие деньги. Подобных перевёртышей в науке мало. Но именно они собраны в фильме. Нелишне повторить, что исключением среди них является лауреат Нобелевской премии Курт Вютрих, который сообщил мне, что российские телевизионщики снимали в США его рассказ о воде целый час. Однако в фильм включили лишь три малозначительных фрагмента по 20 секунд. Его рассказ мастеров обмана мало интересовал. Им было важно назвать в этом пасквиле имя крупного уважаемого учёного[2].
В № 7 бюллетеня комиссии РАН (2010 г.) С. Г. Кара-Мурза в статье об обскурантизме на телевидении заявляет, что позиционирование таких фильмов, как «Великая тайна воды», научно-популярными препятствует восстановлению авторитета науки в обществе[4].
В предисловии к бюллетеню № 5 Комиссии РАН по борьбе с лженаукой (2009 г.) фильм оценивается как внесший «ощутимый вклад в стимулирование лженауки на новые „исследования“ воды, граничащие с чудом»[3].
